靶向代谢组学分析（靶向代谢组学分析一枪射步法）

本文目录一览：

• 1、靶向代谢组学和非靶向代谢组学的区别
• 2、【代谢组学】3.数据分析
• 3、代谢组学的研究方法和研究流程
• 4、浅析:NASH和NAFLD的代谢组学研究
• 5、7.多关联双亲染色体片段代换系(CSSL)群体的代谢组分析
• 6、做好代谢组学研究的关键在哪里?

靶向代谢组学和非靶向代谢组学的区别

1、其次明确代谢组学的研究方法。对于非靶向代谢组学而言，色谱与高分辨质谱的联用必不可少；而对于靶向代谢组学而言，基于多反应监测（MRM）模式的三重四极杆质谱被认为是质谱定量的 “金标准”。

2、代谢物在生物系统中起着至关重要的作用，因此代谢组学可用于发现和鉴定生物标志物，或更好地了解药物或疾病对已知和未知生物通路的影响。成功的代谢物组学研究依赖于有效的代谢物提取。

3、代谢组学是对代谢组学的研究，而代谢组学是对特定生物体对致病性刺激或基因修饰的多参数代谢反应的研究。NMR对于物质结构的指认要比MS更精确（异构体）对定性非常有用，成为非靶向代谢组学的重要方向。

4、近年来，在众多医学、动植物生理学和细胞生物学研究中，如疾病的标志物的识别和检测等，应用于细胞样本的代谢组学起到了重要的工具作用。

5、代谢组学分析 作者基于所有发育阶段的总代谢物含量、抗氧化能力和抗癌活性的研究，选择了两个最具代表性的品种，“Vernon”和“Star”进行非靶向代谢组学检测。

6、代谢组学分析结合高级遗传群体是研究植物代谢组学的有力工具。然而，水稻（ Oryza sativa ）代谢组的遗传分析主要是利用自然资源或单个双亲群体进行的。

【代谢组学】3.数据分析

这里我们采用基于秩的检验方法，其中基因集富集分析（GSEA）是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子，它也可以应用于代谢组数据。

代谢物提取，一般要求每组至少10个样； 在所有提取好的样本中取等量混合作为QC； QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每十个样本穿插一个QC样本 。

本部分分析内容与常规代谢组学一致，主要针对代谢物含量开展单维与多维统计学分析、KEGG通路分析、表达量相关性分析、聚类热图、代谢物分类等分析。

代谢组学分析如下：代谢组学研究可分为两类：“发现代谢组学”（也称“非靶向代谢组学”）和“靶向代谢组学”。

代谢组学的研究方法：代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品（如尿液、血液、组织、细胞和培养液等）采集后进行生物反应灭活、预处理。

代谢组学的研究方法和研究流程

先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。其样品主要是动植物的细胞和组织的提取液。

代谢组学的研究方法：代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品（如尿液、血液、组织、细胞和培养液等）采集后进行生物反应灭活、预处理。

一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。

动物方面如果是动态取血，一般采用大鼠眼眶内眦静脉丛取血。如果是一次性取血，大鼠采用腹主动脉取血，小鼠可以采用心脏取血或者腹主动脉取血。理论来说，血清做代谢组学效果会更好，血清中代谢物的含量略高于血浆。

研究中药这种复杂混合物的毒性，代谢组学是最好的方法，选择不同产地、不同数量、不同组分的中药，做出代谢组图，根据组成变化与毒性、药效相对应，就可把有效的成分最大化，把有毒的东西剔除。

浅析:NASH和NAFLD的代谢组学研究

Gilead 的NASH / NAFLD动物研究模型中代谢组学的应用 Gilead通过代谢组学为临床前研究在NASH研究中的应用提供了一个很好的例子。

NAFLD可以发展为更危险非酒精性脂肪性肝炎（NASH），这表明炎症和肝细胞损伤以及肝脏中的脂肪都存在。到2030年，美国的NASH病例数也有望攀升至预计的2700万。

大脑变慢。研究发现，高脂饮食中游离的饱和脂肪酸会导致血脑屏障中的蛋白转运体数量下降，使海马体和大脑皮层缺乏葡萄糖，出现注意力不集中、反应迟缓等问题。干扰代谢。

还有研究表明，NAFLD患者的肠道菌群组成发生变化。

7.多关联双亲染色体片段代换系(CSSL)群体的代谢组分析

本文以三个具有共同轮回遗传背景靶向代谢组学分析的染色体片段代换系群体的剑叶为材料靶向代谢组学分析，对水稻的代谢多样性进行了分析。

最终组装后的基因组大小为994Mb，ContigN50为184 Kb，ScaffoldN50达48 Mb，其中有397条Scaffold组装并锚定到 20条染色体 水平，组装基因组中确定了4991个SNP和874个SSR，并预测出 46430 个蛋白编码基因，重复序列占到整个基因组的59%。

为了剖析荔枝果实成熟的调控网络，文章使用72个种质进行了全基因组关联分析（GWAS），发现一个开花相关基因（LITCHI019307）在荔枝中具差异表达。

做好代谢组学研究的关键在哪里?

研究代谢组学的关键是要发展大规模、并行化测定复杂混合体系中代谢物组成信息和对大量数据进行分析和建模的能力。技术手段的发展是代谢组学发展的关键因素。

代谢组学的研究方法：代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品（如尿液、血液、组织、细胞和培养液等）采集后进行生物反应灭活、预处理。

代谢组学在茶叶研究中的应用主要有品质鉴定、生理生化过程、功能性成分分析。品质鉴定 通过分析茶叶中代谢产物的种类和含量，鉴定茶叶的品质、产地、品种。不同地区的茶叶具有的独特的香气和口感，与代谢产物的组成密切相关。